倾听肺癌临床新诉求:EGFR/ALK/ROS1(EAR)同步检测(技术篇)

时间:2016-04-07 14:33:00 来源: 本站

【来源】生物谷  2016-04-07 13:44     【链接】http://news.bioon.com/article/6681242.html



       精准医疗将肿瘤基因分型与靶向治疗相结合用于肺癌的治疗,改变了肺癌临床治疗的格局。EGFR、ALK、ROS1(EAR)是肺癌靶向治疗的重要靶点,EAR基因同步检测已被欧洲ESMO、中国肺癌诊疗专家共识等推荐,是让患者从肺癌精准医疗中获益的有效策略(EAR同步检测的临床意义详见http://news.bioon.com/article/6679926.html)。目前应用于肿瘤基因分型检测的技术众多,包括实时荧光定量PCR(qPCR)、测序、数字PCR(ddPCR)、基因芯片、荧光原位杂交(FISH)等。而可用于EAR基因同步检测的高通量检测技术主要有测序、基因芯片、qPCR等。

       Sanger测序作为最早的测序技术,依然是基因检测的金标准,但是由于其检测灵敏度低,操作复杂,成本高等问题,限制了其临床应用。NGS技术的出现使测序成本大大降低,检测灵敏度和通量有所提高,且“精准医疗”计划的提出也使得NGS技术受到行业各界的追捧,已成为目前医学领域中较为火热的研究技术。在高通量测序方面,CFDA先后批准了几款应用于NIPT的测序仪和检测试剂,但是在肿瘤检测方面,由于NGS应用于肿瘤细胞突变检测的标准化和质量控制尚未形成共识,目前还没有高通量测序仪和高通量检测试剂盒获批,仅允许临床试点单位以自制试剂(LDTs)的形式开展检测服务,可见,国家对于其临床的广泛应用仍持保留态度。此外,高通量测序在成本效益上适合于开发同时检测多目标基因panel(几十上百个基因或靶点)产品,但因为有些位点突变率很低,很难找到足够的病人开展临床试验,并且检测结果也无法去验证,从长远来看,此类产品很难以获批,只能以自制试剂(LDTs)的形式在临检实验室使用,短期内还难以实现临床的广泛应用。

       基因芯片技术是在高通量测序技术出现之前被广泛用于多基因检测的技术。在肿瘤诊断领域,基因芯片技术通过对肿瘤基因表达谱分析,组成肿瘤基因诊断芯片,研究肿瘤基因的功能,既可用于肿瘤普查又能达到早期诊断和早期治疗的目的。但其要成为临床诊断和治疗肿瘤普遍采用的技术仍有一些关键问题需要解决,如操作繁琐、成本高和检测时间长、易出现假阳性,且检测结果往往还需要测序或定量PCR进行验证等等。

       相比之下,经典的qPCR技术具备操作简便、灵敏度高、特异性好、结果判读简单等优势,已成为临床应用最广的检测方法。在检测通量上,一般认为qPCR技术受荧光染料种类限制,不适合多基因检测。然而随着多重荧光PCR技术的发展、一些创新性的探针和引物设计技术的出现,qPCR平台已经克服了通量瓶颈。在肿瘤靶向用药检测领域,已有创新性的多种基因联合检测的产品上市,代表性产品有:人类KRAS/NRAS/PIK3CA/BRAF基因突变联合检测试剂盒、人类ALK基因融合和ROS1基因融合联合检测试剂盒等。因此qPCR法是目前最易于临床推广的可用于EAR同步检测的检验方法。

       目前,qPCR平台技术又包括ARMS(艾德、凯杰)、HRM(为真)、Taqman(罗氏)等技术,主要差别为特异性、灵敏度,其中临床应用最广的依然是ARMS技术。根据2015年EMQN室间质评调查数据(表1)可知,以ARMS技术开发的AmoyDx和Qiagen的商业化试剂盒产品在临床上的使用率最高,占比高达43.81%。

表1  2015 EMQN室间质评活动中使用方法比率


       在肺癌精准医疗的用药检测上,CFDA批准的肺癌临床用药检验产品有数十个(表2)。从技术上来看,qPCR技术依然是临床应用的主流技术,该技术下获批的肺癌临床用药检测产品最多,覆盖了肺癌目前已获批上市的靶向药物的所有靶点,并且已有基于ARMS技术的EAR三基因联合检测产品上市。

表2  CFDA获批的的肺癌EGFR、ALK、ROS1基因突变检测产品
       从临床实际应用角度出发,目前已发现的肺癌相关驱动性基因有十多个,并还不断的有新的靶点被发现出来。各大医药企业纷纷布局临床研究,针对这些靶点开发新的靶向药物。相信随着肺癌新靶点的发现和新靶向药物的研发,高通量检测更多靶点的技术将更有利于肺癌精准医疗决策的制定。我们期待高通量测序技术能解决临床应用相关问题、监管机构能通过政策改革,推动LDTs的临床应用规范化和标准化建设。同时,也期待有越来越多机构通过技术创新,在适合于临床应用的技术平台上,如qPCR技术平台,开发出同时检测更多靶点的检测产品,协助临床制定最优治疗方案,为患者节省宝贵时间。